碳源由于进水污染物负荷长时间偏离设计工况，实际运行控制参数的可达性降低，碳源生物脱氮效果受到影响，各再生水厂根据工艺特点进行碳源调控。
碳源溶解氧的存在会对反硝化反应产生抑制。实际运行调控中通常控制缺氧区溶解氧浓度在0.5 mg/L以下，氧化还原电位（ORP）在-150 mV以下。反硝化反应主要通过异养菌代谢完成，实际运行中应控制BOD5/TKN大于5.7，或COD/TKN大于9。疫情期间，再生水厂进水COD/TN平均值7.7，最低值5.5，缺氧区ORP为-30～-60 mV，导致生物脱氮效果降低。针对此现象，再生水厂对曝气量和回流量进行调减，但受现场条件限制，仍会出现缺氧区ORP偏高现象。各水厂采取了改善缺氧环境和优化进水碳源分布等措施，保证生物脱氮效果。
该厂共8组初沉池，设计表面负荷为1.315 m3/(m2·h)，停留时间为3 h，低负荷运行期间，表面负荷及停留时间分别为0.82 m3/(m2·h)和4.6 h。为降低颗粒有机物在初沉池的去除效率，该厂停运2组初沉池，表面负荷上升至1.24 m3/(m2·h)，停留时间降低至3.4 h，有机物去除率由35%～45%降低至14%～20%，初沉出水C/N由4.5～5上升至5.5～6，有效改善反硝化反应的碳源条件，出水TN浓度降低4～5 mg/L。
在低温低负荷条件下，容易发生丝状菌引发的污泥膨胀及生物泡沫问题。污泥膨胀和生物泡沫常由微丝菌和诺卡氏菌过量生长诱发引起，进水基质中含有长链脂肪酸及脂类时对微丝菌生长的影响最为显著；诺卡氏菌则可以利用水中碳水化合物、氨基酸、脂肪酸等有机物质。
发生微丝菌型污泥膨胀时易出现二级出水SS升高和亚硝态氮积累问题，相关水质波动会直接影响接触池中消毒剂的浓度，进而对病原微生物灭活效果产生影响。小红门再生水厂曾因低负荷发生微丝菌型污泥膨胀，污泥沉降性能明显降低，SVI大于300 mL/g，生物池和二沉池出现严重生物泡沫累积。新冠肺炎疫情期间，由于长时间低负荷运行，更需关注污泥种群结构变化，必要时采取污泥有机负荷调控措施，抑制微丝菌生长。
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